積分のプロセスに関して、運動エネルギーの積分方法も、理論マニュアルのP200の下にある台形公式を使っています。 積分刻みによるので過大な評価、もしくは過小の評価になることは御指摘の通りかと思います。
また、運動エネルギーの時刻歴は最終的に減衰や、復元力に消えてなくなるので、最後は0付近近傍に収束するはずです。 速度の方向と加速度(慣性力)の方向が逆になるので、エネルギーが消失するような波形になります。